JASDEC は、証券集中振替機関として、株式等、短期社債、一般債、投資信託などの保管と振替を行う証券決済システムを運営しています。国債は、JASDEC ではなく日本銀行が振替機関を務めます1。
JASDEC のシステムは、日銀ネットの当預系と連動して、DvP 決済を提供しています。JASDEC は、機関投資家と金融商品取引業者の間の証券取引について、約定内容と決済指図を電子的に照合するサービス（決済照合システム）も提供しています2。
100% 子会社のほふりクリアリング（JDCC）が、取引所外で行われる金融機関間の株式取引等の振替の清算を行います2。