JSCC は、清算業務ごとに、極端であるが現実に起こりうる市場環境で複数の清算参加者が破綻した場合を想定し、そのときのポテンシャル・フューチャー・エクスポージャー（今後起こりうる損失）をカバーする額の清算基金を、各清算参加者に預けさせています。JSCC の CDS や金利スワップの清算では、上位 2 先の清算参加者（関係会社を含む）が破綻する想定です。
JSCC の損失の補償は、まず破綻した清算参加者の負担（証拠金など）で行い、次に JSCC の負担、その後に破綻していない清算参加者の負担（清算基金など）で行うのが基本です。たとえば、破綻した会員の証拠金と清算基金への拠出で足りたなら、ほかの会員の清算基金は使われません。足りなかったなら、使われることがあります。
清算基金は、会員が預ける証拠金とは別のものです。PFMI は、リスクを参加者間で相互に負担する仕組みの例として、「デフォルトファンドのような仕組み」を挙げています。